Powstanie Krajowego Biura ds. Przeciwdziałania Narkomanii było odpowiedzią na niekorzystne zjawiska społeczne towarzyszące polskiej transformacji politycznej, gospodarczej i społecznej na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych XX wieku. Szczególnie niepokojące stawało się coraz powszechniejsze używanie narkotyków, zwłaszcza wśród młodzieży. W połowie lat osiemdziesiątych ujawniono w Polsce pierwsze przypadki zakażeń wirusem HIV u osób przyjmujących narkotyki w drodze iniekcji, a już w latach dziewięćdziesiątych można było mówić o zjawisku społecznym, gdyż problem narastał.  W odpowiedzi na tę sytuację wzmożoną aktywność podjęły różne organizacje społeczne udzielające pomocy osobom z problemami narkotykowymi. Potrzebowały jednak wsparcia wyspecjalizowanej instytucji rządowej, która byłaby partnerem przy realizacji ich zadań statutowych. 

Powyższe okoliczności sprawiły, że w 1993 roku minister zdrowia i opieki społecznej powołał Biuro ds. Narkomanii, którego głównym zadaniem było podejmowanie działań na rzecz ograniczania popytu na narkotyki. Do 1999 roku podstawowa działalność Biura obejmowała nie tylko zadania w zakresie profilaktyki narkomanii, lecz również finansowanie leczenia i rehabilitacji osób uzależnionych w placówkach i ośrodkach prowadzonych przez organizacje pozarządowe.

W 1999 roku, w związku ze zmianą systemu ubezpieczeń społecznych, finansowanie leczenia osób uzależnionych od narkotyków zostało przejęte przez regionalne kasy chorych. Ta zmiana i toczący się proces akcesji Polski do Unii Europejskiej wymusiły niejako weryfikację zadań statutowych Biura. W 2000 roku na mocy zarządzenia ministra zdrowia Biuro ds. Narkomanii przekształcone zostało w Krajowe Biuro ds. Przeciwdziałania Narkomanii. Zapisy znowelizowanej w 2001 roku Ustawy o przeciwdziałaniu narkomanii poszerzyły zakres jego zadań o koordynowanie wszelkich działań podejmowanych na rzecz ograniczania popytu na narkotyki oraz o monitorowanie realizacji Krajowego Programu Przeciwdziałania Narkomanii.

Przystąpienie Polski do Unii Europejskiej wiązało się z przyjęciem obowiązków związanych z aktywnym działaniem w ramach Wspólnoty. Oznaczało to między innymi uczestnictwo w procesie wymiany informacji i podejmowania decyzji na poziomie unijnym oraz współuczestnictwo w wypracowywaniu kierunków polityki antynarkotykowej Unii. Przyjęciu dorobku prawnego Unii towarzyszyło powołanie do życia instytucji odpowiedzialnych za realizację zadań będących wspólnym obowiązkiem państw członkowskich. Realizując powyższe wymagania, Polska przyjęła krajową strategię przeciwdziałania narkomanii, spójną ze strategią i planem działania Unii; powołano Radę ds. Przeciwdziałania Narkomanii oraz Centrum Informacji o Narkotykach i Narkomanii, działające jako główny punkt kontaktowy dla Europejskiego Centrum Monitorowania Narkotyków i Narkomanii (ang. European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction - EMCDDA) i współpracujące z siecią punktów kontaktowych REITOX w krajach członkowskich Unii.